シナリオ攻略：[11] クリア後
クリア後は自由にイッシュ世界を周ることができる。特に決まったルートは無いが、大きく3つのルートに分けて攻略していく。また、野生ポケモンや敵トレーナーも強力になっているので注意すること。
キュレム捕獲
ヒオウギシティ
主人公の家でアララギ博士の父親と会話。図鑑を全国図鑑にバージョンアップしてもらう｡
家を出ると、ライバルと妹に遭遇。チャンピオンロードにゾロアークがいるという噂を聞き、早速行ってみることに。
チャンピオンロード～Nの城
ポケモンリーグ側から下っていくと、ゾロアークがいる。
後を追っていくと、Nの城に到着。ここでNと対戦し、勝利すると「ラストストーン(W2)」がもらえる。Nの手持ちはレシラム（Lv.70）のみだが、相当強いので注意が必要。
今度はリュウラセンの塔に行くように言われるので早速向かう。ところで、あのNはゾロアークが化けたものだったのか・・・？少し気になるところ。
タワーオブヘブン
心の空洞でユクシー/エムリット/アグノムに遭遇している場合、タワー頂上にエムリット（LV.65）が出現しバトルできる。ゲット可能。
ヤーコンロード
ホドモエシティの北西にあるヤーコンロードを北へ進んでいく。
ヤーコンロードは、フキヨセの洞穴、ネジ山、地底遺跡にそれぞれ繋がっている。ヤーコンロード⇒ネジ山⇒セッカシティと抜けていく。
・地底遺跡では、レジロック/レジスチル/レジアイスがゲットできる。
・ネジ山では、レジギガスがゲットできる。
セッカシティ
セッカジムにてハチクと会話すると、PWTにハチクが参加する。ポケモンセンター前から、東に真っ直ぐ進むと、ダークトリニティ3人との3連戦となる。
街の北にあるリュウラセンの塔に向かう。
リュウラセンの塔
リュウラセンの塔屋上にて、レシラム（Lv.70）とバトル。ゲットが可能。倒したり、逃げてしまった場合でも、殿堂入り後にまた復活する。
戦闘後、Nと会話し、ジャイアントホールに行くように言われる。
ジャイアントホール
最深部でキュレム（Lv.70）とバトル。バトル後に、キュレムのいた場所で「いでんしのくさび」を入手できる。これを用いることで、ブラックキュレム/ホワイトキュレムをゲットできる。
VS アクロマ
サンギタウン
イッシュ南部を順番に巡っていくルート。まずはサンギタウンのアデクの家でバトル。勝利すると、アデクの孫のバンジロウがやってきて、ホワイトフォレストで白の樹洞に挑戦できるようになる。そこでバンジロウとも対戦可能。
心の空洞
20番道路の南にある川を「なみのり」「たきのぼり」で進んでいった先にある。アララギ博士と会話後、ユクシー/エムリット/アグノムが現れて、飛び去っていく。その後、イッシュ地方の各地に出現するようになり、ゲット可能となる。
ヤグルマのもり
ヒウンシティ南東の出口から、スカイアローブリッジを通って行く。ヤグルマの森を南に進んで行った脇にチェレンがおり、一緒にプラズマ団を探してくれと言われる。森の奥で、七賢人のアスラと会話後、チェレンから「アップグレード」がもらえる。
次は森を抜けてシッポウシティへ向かう。
シッポウシティ
心の空洞でユクシー/エムリット/アグノムに遭遇している場合、シッポウ博物館の入口から南に4歩進んだところに、ユクシー（LV.65）が出現する。不思議な気配を感じて、「調べる」を選択するとバトルに突入するので注意。また、博物館内で、アロエから「ふたのカセキ」「はねのカセキ」のいずれかをもらえる。
街の南から、3番道路を抜けて、サンヨウシティへ向かう。
サンヨウシティ
サンヨウレストランで、元ジムリーダーの3人と組んで、ダブルバトルを楽しめる。また、夢の跡地には、[B2]ラティオス（Lv.68）、[W2]ラティアス（Lv.68）がおりゲット可能。
2番道路⇒カラクサタウン⇒1番道路とぬけて、カノコタウンへ。
カノコタウン
アララギ親子にポケモン図鑑を評価してもらうと、「すごいつりざお」がもらえる。これで、釣りじゃないと出現しないポケモンをゲットできるようになった。
17、18番水道
1番道路から「なみのり」を使って行ける。18番水道の高台には、ポケモンDPtのノモセジムリーダーであるマキシがいる。話しかけると、PWTに参加してくれる。また、そこから東に進んでいくと、「かざんのおきいし」を入手できる。これをリバースマウンテンの例の場所で使うと、ヒードラン（Lv.68）が出現する。
P2ラボ
P2ラボには、プラズマフリゲートが停泊している。最奥にアクロマがおりバトルができる。プラズマ団は彼が解散させてくれたらしい。
VS アクロマ（プラズマ団ボス）
使用ポケモン
| レアコイル Lv.72 |
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  じりょく がんじょう  しんかのきせき |
| ①ボルトチェンジ ②ラスターカノン ③トライアタック ④でんじは |
| ジバコイル Lv.50 |
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| じりょく がんじょう ものしりメガネ |
| ①ほうでん ②ラスターカノン ③はかいこうせん ④でんじは |
| ＷロトムLv.72 |
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 ふゆう － いのちのたま |
| ①ほうでん ②ハイドロポンプ ③おにび ④みがわり |
| メタグロスLv.72 |
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 クリアボディ － ちからのハチマキ |
| ①コメットパンチ ②しねんのずつき ③いわなだれ ④こうそくいどう |
| オーベム Lv.72♂ |
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 テレパシー シンクロ たべのこし |
| ①サイコキネシス ②エナジーボール ③めいそう ④じこさいせい |
| ギギギアル Lv.74 |
|---|
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| プラス マイナス ふうせん |
| ①ギアソーサー ②ワイルドボルト ③ギガインパクト ④ギアチェンジ |
鋼、電気、エスパーを組み合わせたパーティ。レアコイル、ジバコイル、ウォッシュロトムで麻痺を撒いた後に、後続で積んで全抜きを狙うという構成。特に、コイル系統はがんじょうもちのため、確実に「でんじは」を入れられてしまう。回復すればいいのだが、それでも後手後手に回りやすいので、非常に面倒臭かった。とりあえず、麻痺させられないようにして、最初の3匹を倒していきたい。
戦闘後に「マスターボール」をもらえる。ゲーム内で2つ手に入るのはありがたい。
エンディング（2回目）
ワンダーブリッジ
ポケモンリーグ2周を目指すルート。
まず、ライモンシティ東の16番道路を通り、ワンダーブリッジへ。ストレンジャーハウスで入手した「みかづきのはね」を持っていると、橋の途中で反応するので、そのまま使用するとクレセリアが出現する。ゲット可能。
ブラックシティ/ホワイトフォレスト
ワンダーブリッジ⇒15番道路と抜けて到着。ここで黒の摩天楼or白の樹洞に挑戦できる。エリア10でバンジロウとバトルできる。そのまま北上して、14番道路を抜け、サザナミタウンへ。
サザナミタウン
ポケモンセンター横にいるライバルから、秘伝マシン06「ダイビング」をもらう。その後、ライバルと対戦する。勝利後にプラズマ団のヴィオと会話して、古代文字が読めるようになる。サザナミ湾にて「ダイビング」をすることで、海底遺跡に行くことができる。ここで得られる「こだいの～」アイテムは、サザナミタウンにいるブルジョワーズ家の主に換金してもらえる。
季節が春 or 夏であれば、別荘でシロナと対戦できる。シンオウ地方のチャンピオンだけあって、めちゃくちゃ強いので注意。
VS シロナ（シンオウリーグチャンピオン）
使用ポケモン
| ミカルゲ Lv.76♀ |
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  プレッシャー － － |
| ①シャドーボール ②かげぶんしん ③ゆめくい ④さいみんじゅつ |
| ルカリオ Lv.76♂ |
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 ふくつのこころ せいしんりょく － |
| ①インファイト ②しんそく ③ラスターカノン ④サイコキネシス |
| トゲキッス Lv.76♂ |
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  はりきり てんのめぐみ － |
| ①エアスラッシュ ②はどうだん ③しんそく ④でんじは |
| ミロカロス Lv.76♀ |
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| ふしぎなうろこ － － |
| ①ハイドロポンプ ②ふぶき ③メロメロ ④ねむる |
| グレイシア Lv.76♀ |
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 ゆきがくれ － － |
| ①れいとうビーム ②シャドーボール ③シグナルビーム ④バリアー |
| ガブリアス Lv.78♀ |
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  すながくれ － － |
| ①ドラゴンダイブ ②じしん ③ストーンエッジ ④だいもんじ |
シンオウ地方のチャンピオンだけあって、強力かつ高レベルのポケモンが揃う。特に、トゲキッスやガブリアスに、こちらのメインウェポンが通らないのが厳しい。ガブリアスは「だいもんじ」でキノガッサを、「ストーンエッジ」でウルガモスをメタり、トゲキッスは「エアスラッシュ」がどちらにも一貫するため、非常に苦戦を強いられた｡
基本的には、ウルガモスで「ちょうのまい」をガン積みするか、キノガッサの「キノコのほうし」でハメ殺すかという形になってしまったが、何とか勝利。
リバースマウンテン
18番水道で入手した「かざんのおきいし」を持っていれば、リバースマウンテン内でヒードランとバトルできる。ゲット可能。
23番道路
心の空洞でユクシー/エムリット/アグノムに遭遇している場合、23番道路にアグノム（LV.65）が出現しバトルできる。ゲット可能。
四天王、チャンピオン（2周）
2周目となると、四天王達のポケモンも非常に強化されており、苦戦を強いられる。
平均レベル72程度なので、準備万端で挑んだ方が良い。詳細については、四天王（ED後）、アイリス（ED後）を参照。
全て倒すと、2周目のエンディングを迎えることとなる。これで、一通りイッシュを周ったことになり、あとはやり込み要素やポケモン、わざマシン集めをするだけだ。
